1348年，黑死病蔓延欧洲，诸国上下尸横遍野，饿殍满街。在这个人人自危的黑暗时代，年轻的英格兰传教士奥斯曼（埃迪·雷德梅尼EddieRedmayne饰）依旧试图坚守他的信仰和岗位。适值此时，骑士奥立克

法兰克福市遭到热浪袭击，市内工人纷纷罢工，堆积如山的垃圾引起鼠患问题，老鼠群在市内无孔不入，更可怕的是它们身上带有一种不知名的可致命病毒。卡田医生急忙研制一种免疫疫苗以拯救市民。但灾难控制员法兰明白到传统的灭鼠方法并不可行，唯一解救方法只有独闯鼠穴…

1910年哈尔滨爆发了一场百年不遇的鼠疫。这个城市无法再恢复原来的繁荣面貌了，从发病起，每天死的人从1个发展到180个，整个城市恐慌了。伍连德抵达哈尔滨后也被灾情的严重所震惊，经过3个月的调查研究，伍连德确认了病情的性质——肺鼠疫。于是他命所有人都要戴口罩，隔离病人。最后冒生命危险果断采取措施——焚烧尸体，从而彻底切断了传染源，一场大瘟疫被彻底消灭。