故事将来到新加坡，讲述寻找19世纪末随着沉船沉入海底的蓝宝石“绀青之拳”的故事。故事中，柯南和怪盗基德被卷入滨海湾金沙酒店的杀人事件中，一场来自新加坡的巨大阴谋将他们裹挟……

19世纪末沉入新加坡近海，全球最大的蓝宝石“绀青之拳”，被当地的富豪看中想要回收，当他出现的时候，却发生了杀人案。现场留下了怪盗基德的血色预告书。另一方面，为了观赏在新加坡举行的空手道比赛，小兰和园子一起来到了新加坡。而没有护照的柯南只能留在日本，不过却被基德用魔术的方法强制带去了新加坡。如果不听话就回不去日本，于是柯南只能被剥夺了眼镜、手表、衣服等等进行变装，当被没认出他来的小兰问到名字时，自称“亚瑟·西莱斯”。基德获悉了沉睡于某宅邸地下金库的绀青之拳的情报，轻松地成功潜入，却发现400战全胜的最强空手

作为平成年代最后一部柯南电影，“名侦探柯南系列”首次将案件发生地设立在海外，基德时隔四年后再度回归，与柯南合体展开行动。故事围绕着19世纪末与海盗船一同沉入海底、世界上最大的蓝宝石“绀青之拳”展开。