《憨豆先生动画系列》的原型是根据风靡全球的电视主角“罗温•艾金森”（憨豆先生）的形象构图而成，构思巧妙，创意独特。日常生活中的憨豆先生是个有一点笨拙、有一点幼稚、有一点单向思维，也有一点腼腆的家伙。无论生活中遇到什么困难或者难题，憨豆先生总能他独有的幽默搞笑的方式化解。最重要的是，憨豆先生的丰富的肢体动作和变化多端的面部表情使得他的生活充满了各种喜剧。这部片讲述的正是憨豆先生搞笑的日常生活和生活趣事。

海报中我们看到被认为是已故的FBI警探“赤井秀一”的迷之男子，以及柯南和中枪的世良真纯。而真纯的台词说着：是他……吗？此前的预告片中狙击枪瞄准镜、某高塔的剪影等画面都和本次的海报相互呼应，看来这次剧场版终于要进主线了！剧情是否也能像TV版中“红与黑的对决”一样饱满刺激呢？让我们拭目以待！

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球比赛的快乐之中。正当比赛渐入佳境之时，从兰打来的电话那里，柯南得知了威胁电话的事情。柯南为了解读暗号独自一人离开赛场，却得知了无人能够阻止的恐怖事实。

词曲作家戴维与三只会说话还能和声唱歌的小花粟鼠相遇之后所发生的故事。故事开始于一个生活在洛杉矶、雄心勃勃却又怀才不遇的词曲作家戴维·塞维尔所面对的一系列窘境，他的制作人伊恩对于他的作品和女友克莱尔似乎都不甚满意，也缺乏耐心，所以干脆“冷藏”了他，对他不闻不问。就在戴维几乎放弃了所有的希望之时，却突然在自家的厨房听到了轻快的节奏，循着声音，他找到了艾尔文、西奥多和西蒙这三只在厨房偷吃、却绝对拥有着与众不同的才能的花栗鼠。让大卫差点惊掉了下巴的是，这些厚颜无耻跑到他家找能吃的东西的花栗鼠，不但说着一口流利的英

词曲作家戴维与三只会说话还能和声唱歌的小花粟鼠相遇之后所发生的故事。故事开始于一个生活在洛杉矶、雄心勃勃却又怀才不遇的词曲作家戴维·塞维尔所面对的一系列窘境，他的制作人伊恩对于他的作品和女友克莱尔似乎都不甚满意，也缺乏耐心，所以干脆“冷藏”了他，对他不闻不问。就在戴维几乎放弃了所有的希望之时，却突然在自家的厨房听到了轻快的节奏，循着声音，他找到了艾尔文、西奥多和西蒙这三只在厨房偷吃、却绝对拥有着与众不同的才能的花栗鼠。让大卫差点惊掉了下巴的是，这些厚颜无耻跑到他家找能吃的东西的花栗鼠，不但说着一口流利的英

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。

堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时

柯南和少年侦探团在参观一座西多摩新建的双子摩天大楼时，意外的发现了黑暗组织成员琴酒(Gin)。随后又发生了杀人事件。杀人事件还在继续，共同点是每名死者身边都会留下一个小的酒杯。就在柯南和少年侦探团寻找凶手的时候，琴酒也得知他正在寻找的叛徒雪莉将在不久之后参加西多摩双子大楼的落成典礼，并准备在典礼上将她刺杀。在典礼会场上，短暂的黑暗之后又有一人被害。现场也留下了小酒杯，显示凶手和之前的为同一人。就在警方和毛利小五郎调查案件的时候，琴酒引爆了藏在大楼内的炸药，销毁了黑暗组织和常磐财团的交易证据，同时将楼顶的柯

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。