七年前，楚云飞遭家族聚变，流落中州药王谷。七年间他凭着自己的努力，名震中州修炼界，随后他回过故土报仇，立誓要查清当年真相。然而在此过程中，他屡遭暗算，经过艰难调查，他惊讶发现幕后黑手竟是如今执掌帝国的

自清雍正以来，乐家老店同仁堂被钦定为“御药供奉”，至乐家第八代已声名大震。病家闻名纷纷求药，而日本浪人小野勾结在乐家长大的曹化伦，蓄谋夺走密方药谱。曹化伦盗方被老东家乐宏达撞见，行凶纵火，烧毁乐家细

民国初年青年贺长生自幼跟随外祖父游走四方、行医救人，学习了不少本领，在外祖父去世后，便和发小儿胡一发一起闯荡上海，开了一家小医药馆，为百姓行医。直到一天，贺胡二人正在打理店铺之时，苗人打扮的女子阿蛮找上门，要求贺长生“父债子偿”，履行承诺。莫名其妙的贺长生与阿蛮发生争执。就在两人争执不下之时，一名名叫何仁坚的男子带着一队外国雇佣兵出现将医馆团团围困...

李时珍（林文龙 饰）自由沉迷于草药研究之中，他同名为吴慕榕（李诗韵 饰）的女子先前已有婚约，却无法自持的爱上了善良美丽的阿冬（叶璇 饰）。李时珍决定将这份感情埋藏在心底，待科举考试之后向阿冬表白心意，