本作将接续第一季的剧情，与握有钥匙的水泽葵，影月明，若叶皆实一起，如今的莲正迈出通往谜团的一步，对于前方沉睡着无法想象的真相一事，仍然一无所知......

诺查丹玛斯预测到了“世界即将终结”的预言，她看到的未来日本一片废墟，意料之外的背叛、败北与绝望、无法逃脱的死亡、不期而然的别离，这一切都让她无法接受。另一方面，斑目向公众揭露了自己的新事业企划，露出了自己的真面目。他利用风水宝地召唤出怪物，甚至还操控住企图阻止他野心的莲和龙马。失去了自己同伴的莲，该如何阻止野心爆棚的斑目呢？

《怪物弹珠 第二季 消逝的宇宙篇》当解开全部的风水宝地的封印之后，诺查丹玛斯立刻预知到了恐怖的未来。从她吐露的只言片语中，莲等人感到一丝不安。这期间，斑目社长向全世界发表了新计划。就在世界处于震惊之际，莲与龙马的面前强敌"伊甸"现身！而此时，冷眼旁观事态发展的弥勒所采取的行动是——

某天，彼方遭到正体不明的怪物们袭击。救了他的人是神秘的蓝发少女空。她向彼方寻求帮助，对他说“只有你能拯救世界！”。为了从企图利用黑暗之力肆意操控世界的千寿等人手里拯救世界，彼方、空、吸血鬼兄妹冬夜和夕

欧拉贡开始寻找分布在世界各地的弹珠英雄们，想要集结成一个弹珠联盟。曾经是天界精英的路西法，背负着要修复已扭曲天界的秘密，与昔日好友乌列尔站在了对立面。　　主人公·焰莲回到曾经住过的街道·神之原，感

少年「焰莲」在某天回到了以往曾居住过的城市「神之原」，但他虽然走在熟悉街道上，却感受到一股不知名违和感且无法回想起过往记忆……突然之间，焰的手机被强迫安装未知名游戏「怪物弹珠」，并从中飞出各式怪物展开

小学四年级学生焰莲（坂本真绫配音），和水泽葵、若叶皆实（木村珠莉配音）、神俱土春马（村中知配音）等好朋友合作开发怪物弹珠，经历了一连串前所未有的神奇体验。这一日，焰莲和伙伴们在研究所的地下募集到一条现

主人公·焰莲回到曾经住过的街道·神之原，感受到了违和感。他确实应该在这条街道住过，却对那时的事情没有记忆。此时，莲的智能手机突然被安装了从没见过的游戏，其名为《怪物弹珠》。他带着从手机中飞向现实世界的

欧拉贡开始寻找分布在世界各地的弹珠英雄们，想要集结成一个弹珠联盟。曾经是天界精英的路西法，背负着要修复已扭曲天界的秘密，与昔日好友乌列尔站在了对立面。主人公·焰莲回到曾经住过的街道·神之原，感受到了违